Za ta namen se v Pantheonu uporabljajo medskladiščni prenosi. V modulu Medskladiščni prenos prenašamo idente iz enega skladišča na drugega. S tem na eni strani razbremenimo zalogo na izdajnem skladišču in na drugi strani obremenimo zalogo na prejemnem skladišču. Tu vnešeni dokumenti so tudi podlaga za knjiženje porabe materiala. Medskladiščne prenose pa lahko uporabljamo tudi za interno obračunavanje v podjetju.