U PANTHEON-u obično koristimo govorne šifre subjekata, jer nam to prilično pojednostavi traženje željenog subjekta u listama. 

Postoje i primjeri, kada takvo šifriranje nije optimalno. Takvi primjeri su posebno česti kod preduzeća, koja rade sa stanovništvom, gdje je subjekata sa istim imenom i prezimenom više. Tada umjesto govorne šifre subjekta koristimo negovorne šifre.

Šifrirati možemo ručno, a rad možemo pojednostaviti i u parametrima programa gdje podesimo podatke za automatsko generiranje broja subjekta. Razlikujemo više načina automatskog generiranja šifri subjekata:

• bez početne konstante (npr. 0000000001)
• sa početnom konstantom (npr. KUP-00000001)
• korištenjem selekcijskog polja (npr. 000001-999999)

Budući da je postavka automatskog šifriranja subjekata globalna postavka (važi za cijelo preduzeće), svi subjekti će biti upisani sa postavljenom šifrom.